L'abbazia di San Michele Arcangelo si trova al centro del borgo fortificato di Limigiano, sulle propaggini settentrionali dei colli Martani, a breve distanza da Bevagna e da Cannara.
L’insediamento monastico, di origine benedettina maschile, sorse all’interno del castello medievale, impostato a sua volta sulle rovine di un antico sito romano.
Le fonti più antiche lo ricordano già nell’XI secolo e ne documentano il legame con San Pietro di Perugia: nel 1058 l’abate Adamo lo cedette a Bonizzone, abate di San Pietro, atto confermato da numerosi pontefici tra XI e XII secolo.
Intorno all’anno Mille il monastero godeva di ampia autonomia, disponeva di varie dipendenze e fu dotato di una cinta muraria in blocchi di arenaria, ancora ben leggibile, che proteggeva gli edifici religiosi e il piccolo abitato.
Nel corso del XIII e XIV secolo la comunità continuò a essere attiva, con una serie di abati noti dalle fonti, ma le difficoltà economiche portarono, nel 1333‑1335, all’unione con l’abbazia di Sassovivo, sancita da Clemente VI e attuata tramite il vescovo di Foligno. In età successiva il monastero passò in commenda, fu governato dai Trinci di Foligno e, progressivamente, perse il carattere monastico, mentre il titolo parrocchiale rimaneva legato a Sassovivo e, in epoca moderna, all’arcivescovo di Spoleto.
La chiesa, oggi parrocchiale, è costruita in blocchi di pietra arenaria e presenta una struttura a tre navate scandite da pilastri, con presbiterio rialzato concluso da tre absidi, una centrale più ampia e due minori laterali.
La navata sinistra è articolata in cappelle voltate a crociera, un tempo interamente affrescate: nella prima sono visibili lacerti pittorici dei secoli XIV e XV, mentre nella seconda si conserva un Martirio di san Sebastiano di ambito folignate del Quattrocento, attribuito al Maestro di Cola delle Casse.
Sulla navata destra è collocata una tela con San Michele Arcangelo. L’ingresso è segnato da un portale con lunetta, databile all’età romanica, sovrastato da una grande finestra ad arco e da una bifora con capitello; questi elementi, insieme a un bassorilievo romanico con due figure inserito in alto sulla facciata, sono realizzati con materiali di reimpiego.
A destra del portale la facciata funge da appoggio alla volta dell’atrio d’accesso al castello, mentre all’esterno si notano robusti contrafforti a sostegno delle volte interne. Il campanile a torre si innesta sulla parete di fondo, in prossimità dell’abside sinistra. All’interno, presso la porta, un capitello romano sostiene un’acquasantiera, e l’altare maggiore poggia su un rocchio di colonna di età antica, a testimonianza del riuso di elementi lapidei preesistenti.
La chiesa è stata oggetto di importanti restauri nel Novecento: nel 1948 furono messi in luce gli affreschi delle cappelle laterali, ulteriori interventi seguirono nel 1980 e nel 2010, con il consolidamento e il ripristino dell’intero complesso.