Musei che espongono collezioni relative alle scienze naturali, fisiche, chimiche, geologiche e biologiche. Promuovono la divulgazione scientifica e la ricerca. Sono inclusi in questa categoria i musei di mineralogia, paleontologia, zoologia, astronomia i planetari e i centri scientifici.1
ICCD – Scheda MU, ICOM Italia, DM 113/2018.
Il Museo Vulcanologico di San Venanzo si trova nel cuore del centro storico del borgo, in una posizione di confine tra il territorio del Medio Tevere e l’Orvietano.
Il Museo Naturalistico del Parco di Colfiorito si propone di diffondere la cultura scientifica, storica, ambientale del territorio di riferimento che integra l’offerta culturale del Comune di Foligno e del confinante territorio Marchigiano.
La collezione museale di Gianluigi Bini, con i suoi 600.000 esemplari per oltre 15.000 specie, è considerata la più vasta raccolta privata d’Europa.
Il Museo di Anatomia Umana dell'Università degli Studi di Perugia è stato fondato a scopo didattico nel 1814 da due importanti medici perugini: Cesare Massari e Goffredo Belisari.
Il Museo-laboratorio del Parco del Monte Cucco si trova nel centro storico di Costacciaro, piccolo borgo medievale a difesa della via Flaminia, all'interno della ex chiesa di San Marco.
All'origine del Museo Ornitologico Naturalistico "Silvio Bambini", ospitato nell'ex caserma delle Guardie Forestali di Pietralunga all'interno dell' oasi naturalistica di Candeleto
