La biblioteca e Centro di Documentazione francescana è sorta nel 1230, con l’insediamento dei primi frati nelle abitazioni a ridosso della Basilica.
L'Orto degli Aghi è situato in prossimità della Porta Perlici, che si apre a nord ovest delle mura urbiche, lungo la via che conduce alla Cattedrale di San Rufino.
La Galleria d’arte contemporanea della Pro Civitate Christiana si trova all’interno della Cittadella di Assisi ed è parte del settore culturale denominato Osservatorio, insieme a biblioteca e fonoteca.
Il museo si trova ad Assisi presso il complesso abbaziale benedettino di San Pietro, compreso all’interno del centro storico dalle mura trecentesche.
Il Museo, inaugurato a Santa Maria degli Angeli, frazione di Assisi, il 24 febbraio 2017 è situato in viale Gabriele D'annunzio presso il complesso industriale ex stabilimento chimico della Montedison, disegnato dall'Arch. Morandi e sottoposto a tutela architettonica
Il “Museo della Memoria, Assisi 1943-1944” si trova all’interno del palazzo vescovile di Assisi ed è costituito da materiali inerenti ai vari personaggi che si spesero in prima persona per salvare gli ebrei arrivati in Assisi negli anni 1943-1944.