Il convento di Santa Maria della Pietà ebbe il suo attestato di nascita con la bolla di Sisto IV del 10 aprile 1481 e fu costruito su donazione di Bartolomeo Burelli di Nello.
Agostino da Stroncone in “Umbria Serafica” affermava: “L’Osservanti alla fratta di Perugia ... ottengono quest’anno (1481) dal papa di trasferirsi a Mercatale, la chiesa però, col titolo di S. Maria della Pietà, la fa a sue spese Bartolomeo Burelli di Nello della Fratta, cittadino di Perugia”. A finanziare i lavori intervenne poi il comune di Perugia (1486) e una donazione di anonimo di 30 fiorini (1488). Gli Osservanti furono il primo ordine di frati che vi si insediarono.
Con la soppressione italiana nel 1863 il convento fu indemaniato e, dopo molte vicissitudini, nel 1941 fu affidato ai salesiani, i quali, insieme alla Parrocchia, gestirono anche l’Oratorio “Don Bosco”. Vi rimasero fino al 1963. Il 4 gennaio 1964 vi rientrarono i Frati Minori.1
La struttura è stata oggetto di lavori di restauro diretti dall'architetto Francesco Raschi e terminati nel novembre del 2011. Tali lavori si erano resi necessari sia per far fronte ad alcuni problemi statici e funzionali sia per ripristinare le caratteristiche architettoniche originali, ricreando l’integrità storica dei prospetti attraverso la demolizione di tutte le aggiunte realizzate in epoche recenti ed in contrasto con i caratteri storici e artistici del complesso.
"La chiesa si presenta all’interno quasi spoglia di decorazioni artistiche, nel rispetto dello stile francescano, con i mirabili altari in pietra serena, oltre al portale di ingresso della Cappella Ranieri. Sul lato a sinistra si trova la copia del dipinto dell’Incoronazione della Vergine (l’originale è presso i Musei Vaticani) commissionato nel 1503 a Bernardino di Betto, detto il Pinturicchio, che lo eseguì in collaborazione con Giovan Battista Caporali. Traccia originale giunta fino a noi dell’opera artistica del Pinturicchio a Santa Maria della Pietà, è la lunetta affrescata sopra il portale di ingresso della chiesa."2